De fleste har tatt en PCR test en eller flere ganger. Her er en kort innføring i hva PCR-test er og hvor bra den er i praksis. Vi tar også for oss problemet falsk positiv og falsk negativ tester.
Coronaviruset SARS-Cov-2 gir opphav til en klinisk sykdom kjennetegnet ved en rekke fysiske symptomer som: feber, allmen utmattethet, slimdannelse i hals og lunger, pustevansker mm. Graden av sykdom varierer fra meget milde symptomer som kan likne en vanlig forkjølelse til mer alvorlig som ligner en influensa til svært alvorlig sykelighet med lungesvikt som krever respiratorbehandling.
PCR- test i praksis : Når en person har sykdoms-symptomer kan man identifisere tilstedeværelse av Coronavirus ved to metoder: antistoffer mot viruset i blod hos den syke eller identifisering av virus i slimhinnene i nesopharynx. Identifiseringen av viruset fra nesopharynx slim hentet ut med en vattpinne gjøres ved hjelp av såkalt PCR (Polymerase Chain Reaction) test som diagnostiseres for å diagnostisere tilstedeværelse av Corona viruset´s RNA (Ribo Nuclein Acid) genom.( Coronaviruset har ikke DNA arvestoff, bare RNA)
Trinn 1: Viruset fra prøven brytes opp med et dertil egnet kjemikalium kjent som chaotropisk salt slik at det dannes en oppløsning av RNA og proteinbiter fra viruset og andre fragmenter fra hva som ellers måtte være i prøven fra svelget. På dette stadiet er blandingen uren, dvs man har biter av Sars-CoV-2 virus og RNA og DNA fra andre virus og bakterier og celler som måtte være i svelget og som følger med testen.
Trinn2 : RNA blir så ekstrahert denne oppløsningen ved bruk av en magnetisk teknikk som gjør det mulig å bare få ut renset RNA. Fortsatt er prøven uren fordi den også kan inneholde RNA fra andre Coronavirus som pasienten /testpersonen måtte ha i svelget samtidig som pasienten har SARS-CoV-2 eller at de har en annen Coronavirus-infeksjon.
Trinn 3: Identifisering av SARS-CoV-2 RNA. Ulike RNA-virus har områder av genomet som er like og visse deler av genomet som er helt spesifikk for hvert enkelt virus. SARS-CoV-2 viruset har et spesielt gen kalt E22 som består av 26 basepar og som koder for det som kalles den oljeaktig overflaten av viruset. Dersom dette genet E22 er tilstede betyr det at man har RNA fra SARS-CoV-2 virus i oppløsningen. RNA som inneholder dette genet blir identifisert med en DNA primer som fester seg til genet.
Trinn 4: Dersom det er identifisert E22 gen i blandingen ved bruk av en DNA primer bruker man en teknikk som ekstraherer bare RNA fra SARS-CoV-2 viruset. Fra den rene RNA oppløsningen blir det ved hjelp av revers transkripase laget en DNA kopi av RNA molekylet. Ved hjelp av det som kalles PCR (Polymerase Chain Reaction) teknikk kan man så doble innholdet av DNA tråder trinnvis. Hvert trinn er kalt en syklus. Første syklus lager 2 DNA tråder. 2 Syklus lager 2×2 DNA tråder, trinn n lager 2 opphøyd i nte potens, dvs mengden øker eksponentielt. Etter syklus /sekvens nummer 45 har man 17 million millioner DNA kopier fra det første DNA kopien man laget fra RNA fra viruset. Ved bruk av såkalt primerteknikk som identifiserer E22 ved hver kopiering er man garantert at bare DNA laget fra SARS-CoV-2 viruset.
Trinn 5: PCR blandingene tilsatt et fluoriserende molekyl som fester seg til DNA molekylet. Ved å måle lysutsendelsen i et fotometer kan man så måle hvor mye DNA det finnes i blandingen. Jo mere RNA som var i den opprinnelige løsningen jo mere DNA kopier vil det finnes ved hver syklus –
Mye virus som ekstraheres ved å hente ut slim fra nesopharynx jo mere RNA vil man få i prøven og jo flere DNA tråder vil lages fra start av og antallet totalt vil øke med antall sykluser man kjører og jo mere fluoriserende stoff vil det lages i hver syklus. Ved å måle mengden av lys fra det fluoriserende stoffet kan man utsi noe om mengden RNA fra virus det var fra starten av.
Om falske og sanne svar på en test.
All testing har fire mulige situasjoner
| Test resultat | Pasienten er syk | Pasienten er frisk |
| Test viser at pasient er syk | Sann positiv testsvar | Falsk positiv testsvar |
| Testen viser at pasienten er frisk | Falsk negativ testsvar | Sann negativ testsvar |
Ut fra denne situasjonen kan man så beregne det som kalles prøvens spesifisitet= evnen til å utelukke virus (sykdomsårsak) hos pasienter som er friske ; dvs sanne negative tester.Man kan også beregne testens sensitivitet= evnen til å identifisere virus (sykdomsårsak) hos en person som faktisk er syk (sanne positive). Høy sensitivitet gir mange positive svar hos de som er syke i ulike varianter av sykdommene annet ord for sensitivitet er følsomhet.
Sensitivitet = sann positiv test /( sann positiv test+ falsk negativ test)
Spesifisitet= sann negativ /( sann negativ test+ falsk positiv test )
Det ideelle er selvsagte at en test har høy sensitivitet dvs gir oss mange sanne positive svar dvs påviser viruset man leter etter hos folk som er syke; så mange som mulig, aller helst 100%. Man vet da hva man skal behandle. Videre er det viktig å ha tester med høy spesifisitet dvs som utelukker at en syk person ikke har det virus man leter etter.Denne type matematikk/ logikk gjelder for enhver type test leger bruker.
Hvordan ligger PCR test for Covid-19 an med hensyn til sensitivitet og spesifisitet i det praktiske liv?
Under laboratorieforhold har Corona PCR test tilnærmet 100% sensitivitet og 100% spesifisitet, men under praktisk forhold dvs ved prøvetaking fra et tilfeldig utvalg mennesker noen syke og noen frisk forholder det seg imidlertid annerledes!! I følg en av mange gode kilder ansees PCR test for å være 80% sensitiv og 98-99% spesifikk i det praktiske liv([1]) I en annen undersøkelse fra USA var sensitiviteten slik: For syke pasienter som ikke var innlagt på sykehus var PCR spesifisiteten :89.9% , for syke innlagt innlagte pasienter 95.5%.For pasienter som derimot ikke hadde symptomer og ikke var innlagt var sensitiviteten så lav som 67.5% og for innlagte med mistanke, men ingen klar sykdom: 39,4% og pasienter som ikke var innlagt: 47.3% (2).Med andre ord er sensitiviteten, evnen til å påvise reelt syke meget variabel. Dette gjør at legen får høy andel av falske negative tester; det vil si lav evne til å påvise Corona hos de som er smittet og følgelig blir antall registrerte Corona syke underrapportert! Dette motsier kritikk fra PCR skeptikere som hevder at PCR overrapporterer syke. Tallene viser snarer at det underrapporteres antall syke for pasienter som ikke har symptomer. Alt gitt spesifisiteten er 99% eller høyere.
Testen vil derfor generer både falske positive tester og overse pasienter som er infiserte. Men hvordan skal vi finne ut hvor mange falske positive tester og falske negative tester som oppstår? Dette avhenger dels av testen selv og dels av forekomsten av sykdom i en befolkning man tester. For å gjøre det enkelt anbefaler vi at den som leser dette går på Internett og laster ned British Medical Journals Corona test app:
Eksempler der sensitivitet er satt til 80% og spesifisitet er satt til 99%
Testgrunnlag: 100.000 testede i en befolkning der noen syke med Corona, noen syke av annen årsak og noen friske.
|
Forekomst av Covid-19 virus pr 100.000 testede |
Sanne positive tester : Syk og tester positiv PCR |
Falske positive tester: Frisk og tester Positiv PCR |
|
0.1% |
80 |
999 |
|
1% |
800 |
990 |
|
5% |
4000 |
950 |
|
10% |
8000 |
900 |
|
20% |
16000 |
800 |
Tester man 1000 deler man tallene på 100 osv.
PCR har altså den ulempen som alle tester har at de generer et visst antall falske positive tester som selvsagt ikke er ønskverdig fordi det fører til karantene og sosial isolering uten at det er behov for det .Som man ser gir PCR testing stadig bedre resultater jo flere som er reelt smittet i en befolkning.
PCR –testing for Omikron og andre varianter.
Omikron varianten har en annen gensekvens enn de andre variantene og man bruker derfor en annen PCR test som tar hensyn til manglende S-genet. Det er pr dato registrert 13 ulike varianter av SARS-CoV-13 i følge Pentabase Laboratorier (https://pentabase.com/mutations)
De ulike gen-variantene som kan identifiseres med ditto PCR tester er i følge www.Pentabase.com :
Alfa: opphav England
,Beta opphav Sør Afrika
Gamma opphav Brazil
Delta opphav India
Omikron opphav Sør Afrika
Epsilon opphav USA
Eta opphav Nigeria
Kappa opphav India
,B.1.621 opphav Colombia
B.1.616 opphav Frankrike
C37 opphav Peru
B.1.617.3 opphav India
,B.1.1519 opphav Mexico
Delta+ opphav India,
C.1.2 opphav Sør Afrika
I skrivende stund finnes ingen spesifisitet eller sensitivitets-data for PCR testing for variantene, men det antas at resultatene er omtrent som nevnt før i denne artiklen.
@Copyright Øverbye 2022
Disclaimer