PCR testen for coronavirus er selve gullstandard for å påvise om du er smittet med COVID-19 viruset. Testens følsomhet bestemmes av noe som kalles Ct tallet. Jo høyere Ct tall jo mindre mengder virus kan den påvise. Settes Ct-tallet høyt nok kan man også fange opp de som egentlig har så lite virus at det ikke har noen medisinsk betydning. Hvor stort er problemet ?
Hva er en RT-PCR test: RT-PCR står for : Real Time-Polymerase-Chain-Reaction) test RT-PCR eller PCR påviser arvestoff fra coronaviruset i sekret fra nese og nasopharynx. Sekretet blir behandlet kjemisk slik man blottlegger og ekstraherer arvestoffet fra såvel levende som døde virus og arvestoff som ligger igjen som rester i slimet etter at immunceller har drept og spaltet viruset.
Arvestoffet hos Coronaviruset består av RNA (Ribo Nucleic- Acid) i motsetning til kroppens celler som har DNA (DeoxyRibo- Nucleic- Acid) arvestoff. Ved hjelp av biokjemiske metoder isoleres så spesifikke gener (E, RdRp og N) fra viruset´s RNA. Av dette lages en DNA kopi ved hjelp av revers transkripase. Hva er Ct (Sykluser): Når kopien er laget lages så en ny kopi av DNA segmentet og man har da to identiske DNA tråder. Dette kalles første Ct (Cycle Treshold /Cycle Time). Neste trinn generer 2×2 nye DNA kopier, 3 trinn 2x2x2 osv. Ved trinn N har man generert 2x2x. …x2 N ganger. Kjører man 30 Ct ender man opp med 2 ganger med seg selv 30 ganger , ender man oppmed over en milliard DNA kopier fra den første ene RNA biten.
Ct og mengden virus: Som man forstår vil antall sykler = Ct stå i et visst forhold til mengden virus arvestoff man innhenter fra nese og svelg. Er det mye virus i prøvematerialet, er det samtidig mye arvestoff(RNA). Etter få antall sykluser vil man ha såpass mye DNA tråder (= antall virus DNA x antall produsert ved syklustall) at testen viser positiv i måleinstrumentet. Har man lite antall virus vil man måtte kjøre et høyere antall Ct sykluser før testapparatet viser positivt svar.
Siden en PCR test ikke beregner antall virus, er den ikke kvantitativ, den er kvalitativ når Ct tallet først er satt på apparatet, dvs sier om det er virus tilstede eller ikke. Hva skjer når apparatets Ct tall økes ? Jo flere sykluser man kjører, jo mindre mengder RNA kan man påvise. Ct tallet virker med andre ord som et forstørrelsesglass som ved stigende antall sykluser gjør det mulig å få positivt utslag med stadig mindre RNA som utgangspunkt.
Her er to undersøkelser som viser forbindelse mellom antall Ct sykluser og virus. Rita Jaafar og medarbeidere ved IHU: Dr. Philos Jaafar er libanesisk født forsker på infeksjonssykdommer ved samme hospital som professor Didier Raoult (Les artikkelen om professor Raoult´s kur mot COVID-19). Hun og hennes medarbeidere testet personer som allerede hadde testet positivt ved PCR. Deretter kjørt de PCR tester med ulikt Ct tall. Så testet de om det var virus fra halsutstryk i nese og svelg hos de som ble testet. Man fant da følgende hos personer som alt var positive ved tidligere PCR test med Ct: 35: Av disse var: Positivt utslag først ved Ct 25: Levende virus ble funnet hos 70% hos de som testet positivt.
Positivt utslag først ved Ct 30: Levende virus funnet hos 20% av dem som testet positivt Positivt utslag først ved Ct 35: Levende virus ble funnet hos mindre enn 3% som testet positivt. Jaafar’s undersøkelse sier altså noe om at det finnes virus, men ikke hvor mye virus pasienten har ved hvert Ct-tall. Alt man kan si er at de som slo ut ved lavt Ct sykluser hadde mye virus, de med positivt svar ved høyere Ct syklus tall hadde desto mindre virus. Men hva betyr dette i praksis? Er mye smittefarlig og lite ufarlig ? Her følger en undersøkelse som gir et svar: Jared Bullard og medarbeidere: Forskerne gjorde en sammenliknende test mellom antall PCR-sykler (Ct tall) og mengden av virus. Konklusjonen var at pasienter som hadde vært syke mer enn 8 dager og hadde positiv PCR over 25 Ct sykler hadde så lite antall virus at de ikke lenger var smittefarlig. For hver økning av antall sykler falt risiko for å overføre smitte med 32%. Dette skulle bety at mer enn 8 dagers karantene ikke var nødvendig.
Hvordan skal vi tolke data ? Tester man en stor gruppe mennesker vil vi ha både friske og smittede. Når man tester de smittede med Ct: 25 vil man fange opp de som har så mye virus at de er smittefarlig (Bullard´s undersøkelse). Dette utgjør utgjør 70% av de med smitte. 30% slipper da unna i følge Jafaar´s statistikk. Går vi opp i antall Ct sykluser til Ct:35 fanger vi opp 23% flere personer med virusmengde som er så lav at de ikke er smittefarlige.
Dersom laboratoriet således bruker Ct:35 vil de ikke vite noe om eksistensen av disse 23% og gi legen et råd som fører til at legen plasserer alle i samme kategori: smittet og smittefarlig.
Man må derfor bruke logikk og det bør være slik at om laboratoriene setter Ct:25 vil de fange opp de 70% som er smittet og smittefarlige, legen vil da gi råd ut fra det. Fordi man ikke vet noe om hva som skjuler seg over et høyere Ct tall annet enn at de som da tester negativt ikke er smittefarlige vil legen gjøre det som er fornuftig. Det er å følge utviklingen ved regelmessige PCR tester med Ct: 25, dvs tester som er klinisk relevante. Det blir selvsagt dyrere for helsevesenet med gjentatte testinger, derfor velger mange lands helsevesen å kjøre et høyt Ct tall og behandle alle som de var smittet og smittefarlige. Mer fakta om dette emne kommer senere.
@Copyright Øverbye 2022
Les mer om PCR test her DISCLAIMER