PCR testen blir av mange ansett som ”gullstandard” for å påvise om du er smittet med coronaviruset eller ei. Men hva betyr egentlig en positiv corona test ? Betyr det alltid smittefare ? Her er hva vitenskapen forteller.
Hva en PCR- Corona test påviser? PCR eller mer korrekt: RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction) er navnet på en teknologisk prosess som er ment å påvise små mengder RNA arvestoff fra virus. Testsvaret sier ikke noe om mengden levende virus som er identifisert, bare at det er tilstede. Legen vet derfor ikke om pasienten har lite, mye eller moderat med levende virus. Det blir derfor legen som i siste instans må gjøre en vurdering ut fra pasientens tilstand.
Finner en PCR test det den skal? En tests evne til å påvise det den er ment for å finne kalles sensitivitet. Teknisk sett gjøres dette ved en metode kalt revers transkriptase som lager en DNA kopi av den biten av virus RNA som er helt typisk for et corona-virus. RT-PCR Corona -test har en sensitivitet på 99%. dvs. at den gir positivt svar hos 99% av de som er smittet. En falsk positiv test er at en smittefri person får positivt utslag : 100%-99% = 1%. Tross imponerende treffsikkerhet kan ikke testen avgjøre hva opphavet til virus RNA var. Var det fra levende, smittefarlige virus. Fra svekkede virus. Fra døde virus eller RNA fra sprukne virus. The Centre for Evidence-Based Medicine ved Universitet i Tromsø skriver:» : PCR identifikasjon er til hjelp så lenge som som dens treffsikkerhet kan bli forstått : Den tilbyr evnen til til å påvise RNA selv i små mengder, men om det RNA den påviser representerer infeksiøst virus behøver ikke å være klart «.
Hva menes med sykluser i PCR testing? RT-PCR teknologien´s evne til å påvise små mengder virus-arvestoff bygger på en teknikk som kalles sykluser eller kopieringer. Den opprinnelige DNA biten laget av virus RNA kopieres opp gjentatte gange. For hver syklus dobles mengden produsert DNA. Ved 10 syklus er det eksempelvis lagd 2x seg selv 11 ganger = 2048 DNA kopier fra ett RNA bit. Har pasienten 100 millioner virus i slimprøven blir det da laget 100 millioner x 2048 kopier. Kjører man 25 sykluser lages det hele 67 millioner kopier pr RNA bit osv.
Hva er en positiv test ? I kopieringsprosessen tilsettes DNA stoffet et fargestoff som gjør oppløsningen selvlysende. Jo flere sykluser som kjøres jo mere selvlysende materiale lages det. Skanneren er satt til å reagere ved en viss mengde utsendt lys, kalt terskelverdien. Antall sykluser man må kjøre før skanneren varsler nok lys = positiv test, kalles Ct (Cycle Treshold). Summen av hvor lavt/høyt terskelverdien er satt og antall sykluser (Ct tall) man kjører bestemmer da prosessens evne til å reagere positivt på en viss mengde DNA .
Hva er forbindelsen mellom Ct tall og mengden virus man kan påvise ? Jo mindre virus RNA det er i slim-prøven, jo flere sykluser må man kjøre før man har laget nok DNA kopier til man når terskelverdi= positiv test. Omvendt, jo lavere Ct man kjører med, jo større mengder virus RNA må det være for at skanneren reagerer med positivt svar. De fleste laboratorier kjører derfor med høyt Ct tall for å få med seg også de med lite virus.
Del II: Om smittefare og positive PCR tester.
Problemstilling blir at PCR testen er sensitiv og kan påvise små mengder arvestoff fra virus. Jo høyere opp man setter skannerens Ct tall, jo mindre arvestoff fra virus kan man fange opp. Kan man da sette skanneren så høyt at man før eller siden får med personer med så lite RNA fra virus at det ikke lenger representerer noen smittefare? Her er 3 undersøkelser som forsøker å besvare spørsmålet:
Jared Bullard og medarbeidere: Bullard skriver at gullstandarden for å påvise corona virus ikke er PCR test, men ta sekreptrøve fra nasopharynx for om mulig å dyrke frem formeringsdyktige levende virus i laboratoriet. Problemet skriver Bullard er at legen stoler for mye på PCR test, fordi laboratoriene foretrekker denne testen fordi den gir raske svar, i løpet 1-2 timer. I et forsøk med 90 positive PCR tester ble det bare funnet levende virus hos 28,9% av de syke! Når disse positive testene ble matchet mot virus dyrket fra pasienten slimhinner, fant man bare smittefarlig virus der PCR testen slo ut på lavere enn 24 sykluser eller sykdoms-symptomene hadde vart mindre enn 8 dager. Bullard skriver:» Smittefare for Ct høyere enn 24 og sykdomsvarighet mer enn 8 dager er lav».
Bernard La Scola og medarbeidere ved IHU: Pasienter som var innlagt ved IHU hospitalet i Marseilles ble fortløpende testet ved at det ble hentet ut slim fra nese og nasopharyx. Noe av slimet ble kjørt gjennom en PCR skanner og noe ble sendt til dyrkning på IHU´s laboratorium som er ett av de beste i hele verden. Det vil si at man kunne dyrke frem virus med svært små mengder i utgangsprøven. Resultatene ble slik: Dersom prøven ble positiv allerede ved Ct :15 hadde 100% av pasientene virus i slimet. De som først ble positive ved Ct:25 ble det funnet virus hos 68.8%. Der man ikke fikk positivt svar før ved Ct 30 hadde 28.8% av pasienten virus. Over Ct.34 var det ikke lenger mulig å dyrke frem levende smittefarlige virus. La Scola`s team fant altså levende virus ved høyere Ct tall en Bullard i Canada og sier at forklaringen er at IHU har bedre utstyr til å dyrke frem små mengder virus som man ikke fant mulighet for i Canada. Han sier at de kanadiske PCRT testene var annerledes enn i Frankrike og at resultatene fra de to land ikke er sammenliknbare.
Rita Jaafar og medarbeidere ved IHU : Rita Jaafar er kollega av Bernard La Scola og professor Didier Raoult ved IHU i Marseilles. Ved studie av 3790 positive PCR tester og sammenlikne disse med virus-dyrkning fra pasientens hals, fast man :» –– ved Ct=25 forble opp til 70% av pasientene (virus)positive ved dyrkning i (celle)kultur og ved CT=30 falt denne forekomsten til 20%.Ved Ct=35, var verdiene vi rapporterte som positive (for infeksiøst virus) mindre enn 3% «. Resultatet bekrefter altså at jo høyere antall sykluser (Ct tall) man må kjøre før en test blir positiv, jo færre pasienter har levende, smittefarlig virus.
Avslutningsvis kommentar. Dette innlegget har ikke fremlagt sjansene for hvorvidt en tilfeldig positiv tatt hos lege eller teststasjon kan si hvorvidt man er smittefarlig eller ikke. Dette er bare et forsøk å belyse en problemstilling som i siste instans bare kan avgjøres av mer forskning. Center for Evidence Based Medicine ved universitetet i Tromsø skriver om situasjonen : » PCR identifisering av virus er til hjelp så lenge man forstår dens begrensninger. Mens den påviser RNA i små mengder, må man være varsom med å anvende resultatene, siden den ofte ikke påviser levende virus «. Vi man vite mer og gå mer i dybden henviser vi til nettsidene til Centre for Evidence-Based Medicine som fremlegger omfattende statistikker for mer sikre konklusjoner. Denne artikkelen og bloggen den 3.2.2022 om PCR testing gir bare en kort innføring i terminologien bak PCR testing for bedre å forstå universitetets nettside. Lykke til med mer egenbasert informasjonsarbeid.
@Copyright Øverbye 2022